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急性粒细胞白血病（急粒）及急性淋巴细胞白血病（急淋）均为造血干细胞移植的适应证。尽管异基因造血干细胞移植术后可能会出现包括移植物抗宿主病在内的移植相关死亡，但因其术后白血病复发率较低，并且可以根治白血病，所以其临床效果始终优于自体造血干细胞移植和化学治疗。总体上讲，急粒的治疗效果要好于急淋，而急粒各亚型间的移植后疗效无明显差异。
2、慢性粒细胞白血病
慢性粒细胞白血病（慢粒）的治疗近年来有了很大的进展，从原来的单纯应用马利兰、羟基脲和联合化学治疗，发展到应用干扰素，直至最新药物甲磷酸伊马替尼的应用。尽管如此，异基因造血干细胞移植仍是目前根治慢粒的唯一方法。
3、恶性淋巴瘤
许多学者倾向于对化学治疗敏感的非霍奇金淋巴瘤患者，缓解期采用自体造血干细胞移植作为首选治疗，那些正规化学治疗后仍未达完全缓解的患者则应尽早进行自体造血干细胞移植。
4、骨髓增生异常综合征
异基因造血干细胞移植可治愈骨髓增生异常综合征，主要用于预期生存时间短、骨髓幼稚细胞比例高或有复杂染色体异常的病例。自体造血干细胞移植不适用于治疗骨髓增生异常综合征。
5、慢性淋巴细胞白血病
由于慢性淋巴细胞白血病（慢淋）本身具有进展缓慢的特点，造血干细胞移植对慢淋的价值尚待进一步确定。
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